Ngày 16 tháng 3 năm 1960, Tổng thống Hoa Kỳ Dwight D. Eisenhower đã ra lệnh cho Cơ quan Tình báo Trung ương Hoa Kỳ (CIA) dùng Đơn vị Hoạt động Đặc biệt của mình để vũ trang, huấn luyện và chỉ đạo những người Cuba lưu vong để thực hiện đổ bộ xâm lược vào Cuba, nhằm lật đổ chính quyền do Fidel Castro mới thành lập ở Cuba[9]. Eisenhower nói rằng chính sách của chính phủ Hoa Kỳ là phải hỗ trợ cho lực lượng du kích chống Fidel[10]. Ban đầu CIA rất tự tin là họ đủ khả năng lật đổ chính phủ Cuba, vì đã có kinh nghiệm thành công trước đây như Cuộc đảo chính ở Guatemala 1954. Một kế hoạch có bí danh Chiến dịch Pluto được Phó giám đốc Kế hoạch của CIA Richard Mervin Bissell, Jr. thảo ra, dưới quyền của Giám đốc CIA Allen Dulles.

Kế hoạch ban đầu của CIA là sẽ xâm nhập bằng tàu vào thành cổ thuộc địa Trinidad, Cuba, cách La Habana khoảng 270 km về phía đông nam, tại chân của Dãy núi Escambray thuộc tỉnh Sancti Spiritus. Trinidad có hạ tầng cầu cảng tốt, và khá gần với các hoạt động phản cách mạng tại Cuba. CIA về sau cũng đề nghị các phương án thay thế, đến ngày 11 tháng 3 năm 1961 Tổng thống Kennedy và nội các của ông đã lựa chọn phương án Vịnh Con Lợn (hay còn được gọi là Chiến dịch Zapata), vì nó có đường sân bay thích hợp cho hoạt động của máy bay ném bom B-26 và ít "ồn ào" về mặt quân sự hơn, vì vậy có vẻ sẽ dễ khước từ sự liên quan trực tiếp của Hoa Kỳ hơn. Khu vực đổ bộ được đổi sang những bãi biển bao quanh Vịnh Con Lợn tại tỉnh Las Villas, cách La Habana 150 km về phía đông nam, nằm ở phía đông bán đảo Zapata. Cuộc đổ bộ dự kiến sẽ diễn ra tại Playa Girón (bí danh Bãi xanh dương), Playa Larga (bí danh Bãi đỏ), và Caleta Buena Inlet (bí danh Bãi xanh lá).[11][12]

Vào tháng 3 năm 1961, CIA giúp những người Cuba lưu vong tại Miami thành lập Hội đồng Cách mạng Cuba (CRC), do José Miró Cardona, cựu Thủ tướng Cuba vào tháng 1 năm 1959, làm chủ tịch. Cardona trên thực tế trở thành tổng thống chờ đợi cho chính quyền Cuba hậu xâm lược[13].